La fundación de ciudades representó el primer intento de establecer la Cultura Occidental en América. Las nuevas poblaciones fueron fundadas por los españoles con el objeto de radicarse en ellas y, al mismo tiempo, de asentar el dominio de España en esa región. Efectivamente, cada ciudad se convirtió en un centro de dominación pero también en un centro de colonización. La primera ciudad española levantada en el Perú fue San Miguel de Tangarará, fundada por Pizarro en junio de 1532. Sin embargo, tan al norte no podía quedar la capital del extenso territorio peruano. Por eso se pensó primeramente en el Cusco y luego en Jauja, pero por ser sitios demasiados enclavados en la cordillera, la capital se asentó definitivamente en la costa, junto al mar, lugar más aparente para recibir refuerzos desde el puerto en caso de una gran rebelión indígena.

Otras ciudades que se fundaron acontinuación fueron Trujillo, Chincha Baja, Chachapoyas, Huamanga, Huanuco, Arequipa. En todas ellas se radicaron los soldados como vecinos y encomenderos, formando parte de su cabildo y construyendo una nueva sociedad que, aunque española en un principio, terminó haciéndose mestiza. Pero si en la costa y en la sierra las ciudades fundadas por los españoles germinaron, en cambio en la selva fracasaron rotundamente, logrando subsistir como casos únicos Jéan de Bracamoros y Santiago de los valles de Moyabamba.

Con el tiempo las nuevas ciudades fueron perdiendo su perfil de fortines y surgieron otras con características muy propias, ajenas a toda intención militar. De este modo nacieron Huancavelica y castrovirreina como ciudades mineras, pues en ellas todo giraba en torno a la extracción del mineral. Netamente camineras o de paso lo fueron en la costa Saña, Chacal, Ica y Moquegua, en la sierra cumplieron este papel Huancayo y la ya vista Huamanga.

Ciudades portuarias fueron, en cambio, Paita, Chérrepe, Huaura, el Callao, Pisco y Arica. Puno, aunque puerto lacustre, fue de origen posterior. Al no utilizar los españoles el Amazonas y otros grandes ríos navegables, como ocurrió en las misiones.

Todas estas nuevas poblaciones cumplieron un papel social (núcleo de una nueva sociedad), económico (núcleo de nuevas industrias y comercio), militar (núcleo de represión a todo posible levantamiento indígena), cultural (núcleo de enseñanza e irradiación técnica), y religioso (núcleo evangelizador para todos los indios de la zona). A la sombra de estas nuevas poblaciones las viejas ciudades indias languidecieron y terminaron españolizándose (Cajamarca y Cusco), otras se extinguieron por completo (Tumbes, Pachacamac, Huanuco el Viejo, Vilcashuamán), habiendo algunas de las que ni siquiera se supo que habían sido abandonadas (Machu Picchu). Pero mientras aparentemente el mundo indio quedaba relegado al campo, las ciudades españolas se fueron indianizando sin darse cuenta. El cambió termino ofreciendo nuevas realidades urbanas, que ya ni eran indias ni españolas, sino ciudades netamente peruanas. Por eso nuestras ciudades llevan el sello inconfundible del Perú y no se repiten en ningun otra parte del mundo.